營養(yǎng)作用是腸道微生物對人類的一個重要功能。

腸道菌群在與人體的共同進(jìn)化過程中，形成相互依賴、相互作用的關(guān)系。人體腸道菌群代謝產(chǎn)生的短鏈脂肪酸如乙酸鹽、丙酸鹽和丁酸鹽對于宿主的生理有重要的影響，其中丁酸鹽幾乎可以全部被結(jié)腸的上皮細(xì)胞所吸收，并且是結(jié)腸上皮細(xì)胞的主要能量來源。而丁酸鹽和丙酸鹽基本上全部被肝臟攝取。

此外，正常微生物，如雙歧桿菌、乳桿菌等能合成多種人體生長發(fā)育所必需的維生素，如B族維生素、維生素K、煙酸、泛酸等，在無菌動物中，如果不人工補(bǔ)給維生素K，會出現(xiàn)凝血異常;腸道菌群還能為人體提供蛋白質(zhì)，合成非必需氨基酸，如天冬氨酸、丙氨酸、纈氨酸和蘇氨酸等。

腸道里合成了人體需要的90%的5-羥色胺，腸道中的特殊細(xì)菌參與了其合成過程;而5-羥色胺的水平能影響睡眠障礙和情感障礙等ASD癥狀。