* 拮抗作用：正常菌群在生物體的特定部位生長后，對其他的菌群有生物拮抗的作用。產(chǎn)生這種生物屏障的往往是一些厭氧菌。正常菌群通過緊密與黏膜上皮細(xì)胞結(jié)出來占領(lǐng)位置，由于在這些部位數(shù)量很大，在營養(yǎng)競爭中處于優(yōu)勢，并通過自身代謝來改變環(huán)境的pH值或釋放抗生素，來抑制外來菌的生長。

* 營養(yǎng)作用：正常菌群的存在影響著生物體的物質(zhì)代謝與轉(zhuǎn)化。如蛋白質(zhì)、碳水化合物、脂肪及維生素的合成，膽汁的代謝、膽固醇的代謝及激素轉(zhuǎn)化都有正常菌群的參與。

* 免疫作用：正常菌群的抗原刺激可以使宿主產(chǎn)生免疫，從而減少了本身的危害。已有實(shí)驗(yàn)表明，某些誘發(fā)的自身免疫過程具有抑癌作用。